"I Tractatus mere peripatetici", editi tra il 1514 e il 1521, appartengono tutti al fecondo periodo dell'insegnamento bolognese del Pomponazzi e rappresentano il tentativo di ricondurre al puro e genuino testo aristotelico tanto le problematiche suscitate dai fisici oxoniensi intorno alla quantizzazione delle qualità, quanto quelle, di forti implicazioni teologiche, relative alla mortalità dell'anima. Al primo ambito si iscrivono i primi tre trattati (il De intensione del 1514, il De reactione e la Quaestio del 1515), in cui Pomponazzi polemizza con i fisici mertoniani e, dimostrando la sostanziale inconsistenza delle loro dottrine, spegne gli entusiasmi suscitati in Italia dalla logica calculatoria. Al secondo ambito si iscrivono il "De immortalitate animae" del 1516, il più fortunato dei trattati perettiani, "L'Apologia del 1518" e il "Defensorium" del 1519, tutti centrati sul tema della mortalità dell'anima. La radicalità della tesi non mancò di provocare la reazione degli ambienti cattolici, soprattutto veneti, che accusarono l'autore di eresia.