"L'umanità è il vero virus." Anno 46 P.C. (Post Colonizzazione) Gli esseri umani insediati su Anarian hanno già combattuto due guerre, una contro i nativi e una contro il virus SIGMA. La prima è stata vinta, la seconda è ancora in corso, così come lo sviluppo di una cura definitiva. Negli ultimi anni si sono formati due schieramenti ribelli di diversa natura: le Fiamme e l'Ordine Fosco. Lumia, nipote del Sovrano, si trova a porsi domande circa la gestione dei problemi da parte del nonno, perché il popolo soffre e la corruzione dilaga. Al contempo Darkess, neo Capitano dell'Ordine Fosco, si prepara per una spedizione di recupero materiali all'interno di Aria.