L'appassionante storia delle "Istituzioni armoniche" inizia nel 1558 e si conclude nel 1589 quando, pochi mesi prima della morte, Zarlino licenzia l'ultima versione dell'imponente trattato arricchita di esempi musicali e ampliata in molti capitoli. L'opera, in edizione critica e commentata, è suddivisa in quattro parti. Nelle prime due, dedicate agli aspetti "contemplativi", si discetta e si indaga sull'arte sonora come "scientia", secondo i canoni della tradizione, con un'approfondita indagine sull'origine della musica e sugli effetti che provoca nel comportamento dell'uomo. Nelle altre due, riservate alla "prattica", vengono fissate in modo didascalico e lapidario le regole da seguire nel contrappunto. Per Zarlino, che non intende introdurre novità clamorose ma chiarire il passato e insieme convalidare la prassi compositiva del suo tempo, la questione musicale è seria, importante, etica e politica insieme.