Nel "Nabari no Yo", il mondo nascosto degli Shinobi, è nata una terribile tecnica segreta: lo "Shinrabansho". Miharu, nel cui corpo risiede tale tecnica, ha deciso assieme a Koichi e al professor Tobari di entrare nel "Nabarino yo". Dopo la comparsa di Raimei, una ragazza che dice di appartenere a una famiglia di samurai, i quattro si dirigono verso il villaggio nascosto di Fuma. Forse Kotaro Fuma, capo villaggio e vecchio amico di Raimei, dotato di una vastissima conoscenza, potrà dare loro delle informazioni sullo "Shinrabansho". Tuttavia, al loro arrivo, il villaggio sta subendo l'attacco dei Lupi Grigi di Iga, proprio durante l'assenza del capo villaggio. Negli occhi delle vittime c'è la devastazione causata dalla forza della tecnica proibita "Kira", utilizzata dal giovane Yoite... Nel momento più difficile, un uomo entra in scena per aiutare Miharu e i suoi compagni: riuscirà Kotaro Fuma a opporsi al Dio della Morte?