Il romanzo vive due storie parallele - una che si snoda ai tempi di Gesù e l'altra che si sviluppa ai nostri giorni - destinate a ricongiungersi in un finale imprevedibile e di intenso significato per i destini del genere umano. La prima storia riguarda la straordinaria figura dello scriba Eleazar, che segue la predicazione di Gesù annotandone gli eventi miracolosi; il momento più importante della sua esperienza tuttavia è quello in cui Pietro gli rivela il segreto della Passione di Cristo e una profezia che si avvererà nella pienezza dei tempi. La seconda storia ruota intorno ad un frate occitano, Antonio d'Esquivel, il quale si convince che il vangelo di Matteo sia stato scritto in realtà dall'apostolo Mattia, quello che è subentrato a Giuda. Quando un'imprevedibile scoperta archeologica sembra dargli ragione, finisce per trovarsi al centro di un intricata vicenda che si snoda in Israele, e in specie in Galilea, coinvolgendo il Vaticano e i servizi segreti israeliani, mentre la profezia viene a delinearsi in tutta la sua drammaticità minacciando l'umanità intera.