I "Quaderni" raccolgono una massa ingente di descrizioni di esperienze, estratti ed annotazioni stese da Antonio Vallisneri principalmente negli anni compresi fra il 1694 e il 1701. La loro pubblicazione, oltre all'obiettivo di rendere disponibile una parte non irrilevante delle ricerche e degli studi naturalistici vallisneriani sinora inediti e poco o nulla noti, ha anche il fine di illustrare il metodo, la pratica scientifica, le fonti e i modelli teorici seguiti dallo scienziato. Nelle molte carte manoscritte di questi documenti affiorano elementi di straordinaria utilità per chiarire il suo metodo scientifico.