Spirito creativo e in parte autodidatta, Boyer è diventato una leggenda già nel corso della sua vita. È stato uno dei pochi analisti che hanno avuto il coraggio di sperimentare il trattamento psicoanalitico della schizofrenia, della psicosi maniaco-depressiva e di altri disturbi mentali primitivi, un tempo definiti 'nevrosi narcisistiche' e considerati, con l'avallo dello stesso Freud, non trattabili con il metodo psicoanalitico. Particolarmente degno di nota è il suo lavoro sul controtransfert. Boyer ha sempre criticato chi si limitava a sottolinearne gli aspetti di resistenza ed era convinto che tra transfert e controtransfert esistesse un'assoluta interdipendenza. Oggi tutti sappiamo cosa ci sia dietro la resistenza ad accettare formalmente il valore clinicamente positivo del controtransfert. Gli analisti perdono la barriera protettiva della neutralità e, di conseguenza, il loro senso di sicurezza rispetto all'intimità intersoggettiva e al coinvolgimento emotivo. Un altro aspetto di Boyer è degno di nota: la sua attività antropologica a carattere psicoanalitico, svolta insieme alla moglie Ruth tra le tribù Apache. Boyer ha studiato alcuni di questi nativi americani con il test di Rorschach sottoponendone altri a psicoterapia psicoanalitica. Il suo lavoro antropologico è perfettamente in linea con la sua tecnica psicoanalitica.