Da studioso di storia ecclesiastica, Ernesto Buonaiuti sa di non poter prescindere da «una conoscenza solida di quei principi» che costituiscono «la trama scientifica delle discipline storiche». Il corso da lui tenuto al Seminario Romano nel 1904-1905, finora inedito, muove da due ambiziose domande: la storia è scienza? E, se lo è, quali sono le leggi capaci di condurre a un'interpretazione oggettiva dei fatti? Si delineano così i fondamenti per una metodologia della ricerca storica: la raccolta delle fonti, l'analisi critica per stabilire se abbiano valore di testimonianze e in quale misura corrispondano alla realtà, l'ordinamento del materiale per comprendere gli avvenimenti e le loro relazioni. Affrontando la fatica di accostare, all'inizio del Novecento, storia e scienza, Buonaiuti conclude che la storia, benché non immune dal dubbio, «non ha nulla da invidiare per grado di certezza» alle scienze empiriche.