Direttore di uno strano orfanotrofio su un'isola lontana, Arthur Parnassus spera di diventare presto il padre adottivo dei sei bambini magici che vi abitano. Accanto a lui, oltre a Linus Baker, ex assistente sociale del Dipartimento della Magia Minorile, nonché suo grande amore, ci sono lo spirito dell'isola, Zoe Chapelwhite, e la fidanzata Helen Webb, sindaca di Marsyas. Ma le ombre del passato e l'arrivo di un nuovo bambino pongono Arthur di fronte a una svolta decisiva: la sua famiglia crescerà più forte che mai o cadrà a pezzi?