Dopo aver lasciato il Bureau for Paranormal Research and Defense, i viaggi di Hellboy lo portano prima in Africa e poi per due anni sul fondo dell'oceano. Un antico stregone, una donna pesce gigante il custode della storia segreta dell'universo costringono Hellboy ad accettare il suo ruolo nell'imminente apocalisse o a farselo rubare. Strane creature sottomarine e leoni parlanti popolano questa avventura di svolta, che rivela segreti sepolti fin dalla creazione di Hellboy.