Quale sarà il vero nome del faraone? Il torneo di Battle City è finito e Yugi Muto, battendo sia Seto Kaiba che Marik Ishtar, ha ottenuto il titolo di Re dei Duelli! Ora, per permettere al suo alter ego di recuperare i ricordi perduti, con Katsuya Jonouchi, Hiroto Honda e Anzu Mazaki si trova a dover affrontare i pericoli del Mondo delle Memorie a cui si accede attraverso il Puzzle Millenario...