Nel XIII secolo, di fronte al grande pericolo rappresentato dalla "Weltanschauung" della filosofia aristotelica, in che modo il Dottore Serafico si propone di impostare il sapere cristiano? Si tratta di assimilare simpliciter tale filosofia volgendone i contenuti verso fini cristiani, o si tratta piuttosto di analizzarne la portata in rapporto al fine stesso? La filosofia di Aristotele ha aperto nuovi problemi. Non si tratta soltanto di separazione tra scienza profana e scienza sacra in quanto al metodo, ma di separazione tra due scienze che pretendono entrambe di porsi come sapere integrale. Ciò che desta particolarmente la preoccupazione in San Bonaventura è la pretesa, da parte della filosofia, di porsi come visione assoluta del mondo e della vita. Nel contesto della cultura del XIII secolo non si può più parlare di "adattamento" della cultura pagana ai fini cristiani. Per San Bonaventura, Agostino e Aristotele non vogliono solo significare due sistemi filosofici diversi. Agostino e Aristotele assumono ora la figura di due culture diverse, di due "Weltanschauung" opposte. Il conflitto Agostino-Aristotele rappresenta, per il dottore serafico, il conflitto fra due interpretazioni del destino dell'uomo. Decidere a favore di Aristotele o a favore di Agostino significa scegliere fra due filosofie: l'una che attribuisce alla ragione la capacità di raggiungere l'ultima verità senza bisogno di appellarsi a Dio, l'altra che - riconoscendo alla ragione i propri limiti - afferma la necessità di chiedere alla fede l'ultima parola.