Il decreto 551 del 1810, costitutivo della Società di Agricoltura in ogni capoluogo di provincia del Regno di Napoli, prevedeva che ogni Società avesse anche un Orto Agrario per gli esperimenti pratici di agricoltura. Quello di Lecce, aperto al pubblico nel 1843, era costituito da vari appezzamenti, circa tre ettari, da un ricco bosco di lecci, da pozzi e diverse piante acquistate dall'Orto Botanico di Napoli. In seguito, in base all'articolo 5 del decreto 23 dicembre 1866, che trasformava le Società economiche in Comizi agrari, l'Orto fu affidato dalla Provincia al Comizio Agrario di Lecce. In una situazione di precarietà e incertezza sul futuro, alla fine dell'Ottocento fu quasi abbandonato. Scarse e incerte risorse, nonché una lunga vertenza con la Provincia e il Comune di Lecce, limitarono gli interventi. Seguì una lenta ripresa sino agli anni Trenta, quando gran parte del terreno fu ceduto per la costruzione di enti pubblici e nel secondo dopoguerra completamente edificato, cancellando le testimonianze di un orto botanico-agrario che aveva contribuito allo sviluppo della botanica nel Meridione.