Nel Santuario genovese della Madonnetta fra le diverse opere d'arte che si possono ammirare l'organo rappresenta una delle testimonianze più significative. Costruito nel 1733 da Lorenzo Roccatagliata (1686-1748) di Santa Margherita Ligure che conobbe il fiammingo gesuita Willem Hermans - che realizzò a Genova nel periodo 1653-1663 gli organi della chiesa del Gesù (SS. Andrea e Ambrogio), della basilica di N.S. Assunta in Carignano e chiesa della Maddalena. Le decorazioni della cassa arricchita da fregi, intagli, cariatidi ai lati del prospetto, erme, figure di cherubini a "bambocci", statue di angeli musicanti, evidenziano una decisa rassomiglianza con lo stile dello scultore Agostino De Negri, in particolare nelle formelle del parapetto della cantoria, proveniente quest'ultima dal Santuario agostiniano di N.S. della Pace di Albisola Superiore. Nel 1844 lo strumento viene ricostruito da Carlo Giuliani a due tastiere e con l'aggiunta di registri per adeguarlo al mutato gusto verso le sonorità proprie del coevo repertorio operistico italiano: è mantenuta la cassa e gran parte delle canne Roccatagliata. Con il trascorrere del tempo si manifesta l'esigenza di un intervento restaurativo volto ad eliminare alcune modifiche reversibili subite, e i danni prodotti dalla polvere e dal naturale decadimento, riportandolo a condizioni soddisfacenti di conservazione e di utilizzo, rese possibili grazie al determinante contributo finanziario della Compagnia di San Paolo di Torino e realizzato dai Fratelli Marin di Lumarzo (Ge) nel 2010-2012 ed approvato dalla Curia Arcivescovile di Genova e dalla Soprintendenza per il Patrimonio Storico, Artistico ed Etnodemoantropologico della Liguria.