La battaglia si sposta alla base del team Flare! Elisio, dopo aver rubato la Pietrachiave di Ornella, apprende la Megaevoluzione. Mentre X si appresta ad affrontare in uno scontro decisivo il suo feroce Gyarados, i capipalestra si radunano per fermare l'attivazione dell'arma suprema, purtroppo senza successo. Riusciranno i nostri eroi a sventare questa terribile minaccia?