In piena epoca di Tangentopoli, la decisa azione del pubblico ministero Bruno Ferretti sta per scoperchiare il malaffare diffuso negli ambienti politico amministrativi della città. La sua azione viene sostenuta a gran voce dall'opinione pubblica, che vede in lui l'alfiere della legalità inattaccabile da qualsiasi condizionamento. Ma la reazione dei cosiddetti 'poteri forti' non si fa attendere e sarà implacabile. Il magistrato, mai sceso a compromessi, sarà costretto a difendersi da attacchi personali infamanti che lo metteranno nella condizione di essere perseguitato dalla Giustizia e costretto a tutelare la propria integrità morale. Al suo fianco due donne: Livia, la collega giovane e brillante a cui Ferretti è legato da sentimenti affettuosi, e Vera, l'amante appassionata e inquieta. Fermate Kowalski!, pur autonomo nell'intreccio, è il seguito ideale di "Delitto al mercato dei fiori".