Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del "piccolo detective" Conan Edogawa. Ultimamente, Ran sembra comportarsi in modo strano... Che Shinichi abbia un rivale in amore?! Ma il nostro piccolo detective con gli occhiali dovrà presto lasciare da parte le questioni di cuore, in cui del resto è negato, per occuparsi del caso che ha coinvolto il medico curante di Kogoro, morto fulminato mentre faceva il bagno. Dopodiché, le strade di Haibara e Conan si incroceranno di nuovo con quelle degli uomini in nero: a rischio della vita, i due amici cercheranno di evitare un omicidio e di recuperare i dati sulla sostanza che li ha fatti tornare bambini...