La Facoltà di Filosofia fu istituita fin dalla fondazione dell'Università Cattolica: padre Agostino Gemelli mirava alla ripresa e allo sviluppo del pensiero e della riflessione cattolica nel mondo accademico, attraverso l'avvio di corsi universitari nelle discipline umanistiche, per la formazione di giovani in grado di impegnarsi nell'insegnamento medio-superiore e negli ambiti della vita civile e culturale. Il progetto si sarebbe completato l'anno successivo, con la riforma Gentile, che introdusse l'endiadi accademica: Lettere e Filosofia. Da allora, la 'Facoltà di pensiero' si è sviluppata fino all'organizzazione attuale, che ruota intorno ai nuclei della filosofia, degli studi filologico-letterari, delle scienze dell'antichità, delle scienze storiche e degli studi storico-religiosi, accanto a cui si pongono con ruoli sempre più significativi il vasto campo dei beni culturali e l'ambito sempre più rilevante degli studi sulla comunicazione.