Sono passati quasi due anni da quando Yorick Brown e la sua scimmietta Ampersand sono rimasti gli unici due mammiferi con il cromosoma Y sulla Terra. Ora lui e le sue compagne d'avventura, un'agente governativa e una biologa, sono finalmente arrivati a San Francisco, dove forse verrà svelato il mistero. Ma la situazione rimane molto pericolosa, e nuove, inaspettate minacce possono condannare l'ultimo uomo sulla Terra.