Tokio vive in una sorta di collegio protetto da spesse mura. Come i suoi compagni, segue ogni giorno lezioni tenute da robot professori, e trascorre serenamente il tempo libero chiacchierando e giocando con gli amici. Tutti gli studenti sembrano possedere però dei "talenti" particolari, e pian piano la curiosità verso il mondo esterno si unisce a misteriosi presentimenti, movimentando la quiete del loro piccolo paradiso. Maru vaga per le rovine di quella che una volta era chiamata "Tokyo" assieme alla bella ed enigmatica Kiruko, in un mondo desolato popolato da bizzarre e letali creature - ma anche da umani sopravvissuti disperati e pronti a tutto. Tokio e Maru sono identici nell'aspetto, eppure sembrano non conoscersi affatto. Quale sarà il loro legame? I loro destini saranno destinati a incrociarsi? E cosa nasconde l'avvenente ma mascolina Kiruko? Nel corso del loro viaggio, Maru e Kiruko sono incappati in un edificio sulla cui insegna compare lo stesso simbolo disegnato sulla pistola del raggio kiru, e decidono così di avventurarsi al suo interno. Intanto, nel "paradiso", Aoshima è stata promossa a vicedirettrice dopo aver informato la direttrice scolastica dello "strano cambiamento di Tokio", ma quella che si trova ad affrontare è per lei una situazione inedita e ancora misteriosa...