È il 1828 e il giovane e brillante ufficiale della Marina britannica Robert FitzRoy riceve l'incarico di capitanare il Beagle, brigantino della flotta di Sua Maestà, in un lungo, pericoloso viaggio per effettuare le rilevazioni cartografiche della Patagonia e della Terra del Fuoco. Si apre così una delle pagine più affascinanti nella storia della conoscenza. Per il suo secondo viaggio sarà infatti proprio FitzRoy a chiedere di poter avere a bordo un naturalista. La sorte gli riserverà di imbarcare un giovane e sconosciuto seminarista appassionato di geologia di nome Charles Darwin. L'aristocratico FitzRoy ha due ambizioni: dimostrare, in contrasto con le tendenze dell'epoca, l'uguaglianza di bianchi e neri e difendere a spada tratta le verità contenute nel libro della Genesi. Il liberale Darwin, proprio grazie alle osservazioni compiute durante il viaggio del Beagle, giunge invece a mettere in discussione le verità della Bibbia e a formulare in nuce la teoria dell'evoluzione. Inevitabilmente il Beagle navigherà attraverso tempeste marine, ma anche intellettuali. La scoperta degli strani animali del nuovo mondo, o delle sue sorprendenti formazioni geologiche, segnerà un viaggio destinato a cambiare il mondo, scandito dall'amicizia profonda di due giovani uomini, dalle passioni e dalle ossessioni che li divisero, portando uno al trionfo e l'altro alla rovina. L'opera non è solo un documentato romanzo storico, ma ripropone nelle sue pagine anche problemi attuali, come il rapporto fra religione e scienza.