Tokio vive in una sorta di collegio protetto da spesse mura. Come i suoi compagni, segue ogni giorno lezioni tenute da robot professori, e trascorre serenamente il tempo libero chiacchierando e giocando con gli amici. Tutti gli studenti sembrano possedere però dei "talenti" particolari, e pian piano la curiosità verso il mondo esterno si unisce a misteriosi presentimenti, movimentando la quiete del loro piccolo paradiso. Maru vaga per le rovine di quella che una volta era chiamata "Tokyo" assieme alla bella ed enigmatica Kiruko, in un mondo desolato popolato da bizzarre e letali creature - ma anche da umani sopravvissuti disperati e pronti a tutto. Tokio e Maru sono identici nell'aspetto, eppure sembrano non conoscersi affatto. Quale sarà il loro legame? I loro destini saranno destinati a incrociarsi? E cosa nasconde l'avvenente ma mascolina Kiruko? Attirati dalle voci riguardo a un dottore che sembra faccia vivere le persone in eterno, Maru e Kiruko cercano di entrare in contatto con la Comunità Religiosa dell'Immortalità. Introdottisi nei sotterranei di un enorme edificio in cui si dice venga "allevato un mangiauomini", i due si trovano di fronte a una situazione difficile. Nel frattempo, Tokio è sotto sorveglianza a causa di un malessere di origine sconosciuta. Emergono poi alcuni ricordi che illuminano il passato della scuola, come i fatti relativi al suicidio di Asura, ma quanto più mondo interno ed esterno all'istituto sembrano vicini a toccarsi, dando risposta ad alcune delle domande che li circondano, tanto più il mistero si infittisce...