Francisco è la storia di un ragazzo - e poi di un uomo - probabilmente autistico, vissuto in Spagna alla fine del Cinquecento, contemporaneo di san Giovanni della Croce e santa Teresa d'Avila. La diagnosi deduttiva si basa sull'analisi di un libro risalente al 1867, redatto da un anonimo abate. Responsabile di un omicidio, viene allontanato dal padre e mandato da una vedova ad Alcalá di Henares. In questa città ha l'occasione di entrare in contatto con la religione. In seguito trova accoglienza presso l'ospedale di Antezana, tenuto da frati carmelitani. Francisco dorme poco, sembra insensibile alla fatica e parla con una statua di Gesù Bambino. Il "matto buono dei frati" coltiva il sogno di poter prendere i voti e la sua unica speranza è rivolgersi a re Filippo II, suo tutore. Le vicende di Francisco si inseriscono nella storia del Paese iberico - la peste, il regno di Filippo II e di Filippo III - come fosse un Forrest Gump ante litteram. Attorno a lui accadono fatti inspiegabili che contribuiscono a conferirgli un'aura di santità e, nonostante la sua eccentricità, diviene molto popolare.