Il mondo è devastato dalle guerre combattute dagli extended, soldati il cui corpo è stato ibridato con armi biomeccaniche. Juzo Inui è un reduce tornato alla vita civile. Incapace di ricordare il proprio passato prima dell'operazione che lo ha reso un extended, vive ai margini della società occupandosi di crimini in cui sono coinvolti i suoi simili. In seguito allo scontro con Io, il misterioso individuo definitosi "fratello" di Tetsuro, Juzo ha riportato dei gravi danni. Di fronte alla complessa struttura del suo corpo, un vero e proprio concentrato di segreti militari, le conoscenze di Mary si rivelano insufficienti. La chiave per ripararlo potrebbe trovarsi all'interno del Magazzino delle Armi, la prigione riservata agli extended...