Per salvare Natsume il cui cuore si è fermato, Hotaru, Subaru e Noda sono tornati indietro nel tempo! Hotaru cerca di salvare Natsume a qualsiasi prezzo, ma una reazione a catena manda lei e suo fratello alla deriva, persi da qualche parte tra spazio e tempo! Nel frattempo Mikan non può rimanere all'Accademia perché ha perso il suo Alice...