Poco dopo la scoperta dell'America e alla vigilia della battaglia di Lepanto, un medico veneziano viaggia nel Mediterraneo per cercare, lontano dalla Repubblica di Venezia, una "nuova nobiltà" e approdare a una "nuova scienza". La galea della Serenissima sulla quale si è imbarcato viene attaccata in mare aperto dai pirati e il giovane medico dapprima cade prigioniero e in seguito viene ceduto come schiavo a una nave battente bandiera turca. Durante la traversata, il protagonista entra nelle grazie del pascià per un atto di coraggio che ne scongiura la morte e con lui giunge a Costantinopoli. Lì, ospite nel palazzo del nobile signore, divenuto bibliotecario e dedicandosi alla letteratura scientifica, presto si accorge della misteriosa scomparsa dell'ultimo volume dell'opera del medico Polibo di Kos, allievo di Ippocrate, un antico documento sulla cura della peste. Al seguito del pascià, il giovane medico si mette alla ricerca del manoscritto: dalla Costantinopoli dei sultani giungerà ad Alessandria, piagata dalla peste; da Stampalia, piccola isola rocciosa a largo della costa turca, sulla quale vivrà un'intensa e ambigua storia d'amore, raggiungerà la Sicilia e il ghetto nell'enigmatica Ortigia, dove si troverà avvolto nei misteri dell'alchimia. Durante il suo peregrinare, il giovane farà incontri inusuali, vivrà passioni intense, affronterà il flagello della peste, i lutti che ne conseguono, e si confronterà con le trame oscure dell'Inquisizione. Un'odissea che racconta il travaglio del protagonista, moderno Ulisse, combattuto tra l'impulso inesauribile dell'uomo che pone se stesso al servizio della "nuova scienza" e la passione che lo lega alle donne che ama. A determinare la conclusione del suo viaggio contribuirà la tormentata scelta tra l'amore appassionato per la romantica Diotima e il fascino intellettuale per l'aristocratica siracusana Eleonora.