1482. Quando Leonardo da Vinci arriva alla corte di Ludovico il Moro, in veste di ambasciatore a Milano per conto del Magnifico Lorenzo, porta con sé in dono una lira d'argento a forma di teschio di cavallo, che ha progettato e costruito personalmente. Artista già noto a Firenze, Leonardo è anche un grande musico, ed è venuto alla corte sforzesca con due seguaci: il giovane allievo Atalante Migliorotti e Tommaso Masino, esperto nel leggere i moti degli astri e affascinato della magia, che si fa chiamare Zoroastro. Ben presto, però, lo strumento pensato da Leonardo rivela delle proprietà che sfuggono all'intelligenza del suo inventore: già alla prima esibizione pubblica, infatti, il maestro intuisce che la lira è dotata di volontà propria, e che le melodie che ne scaturiscono sono uniche e potenti, capaci di mettere in profonda connessione l'anima di chi la suona e di chi la ascolta. Qualità, queste, che Leonardo non riesce a spiegarsi razionalmente, ma che pure mette a frutto per realizzare il ritratto di Cecilia Gallerani, amante del Moro. Mentre diventa il protagonista della scena artistica di Milano, il genio toscano ospita in casa altri apprendisti, tra cui Salaì, un bimbo vivace e furbo proprio come il Saladino del Pulci. E quando all'improvviso la lira scompare nel nulla, sarà lui il primo indiziato, mentre Leonardo dovrà fare i conti con forze oscure e irrazionali che si rifiutano di sottostare alle amate leggi della scienza.