Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone! Heiji e Conan s'imbattono in un delitto avvenuto nel Caffè Poirot, e insieme ad Amuro iniziano a indagare sul caso. Nel frattempo, davanti ai Detective Boys appare un personaggio che ricorda Rum, una persona vicina al boss degli uomini in nero...