Al centro della storia, la vicenda di una bambina orfana, Mary, affidata a uno zio indaffarato e sempre lontano da casa. La prima reazione della bambina, appena arrivata nella villa dello zio, è di rifiuto. Non le piace niente. È scontrosa, capricciosa, scontenta. Ma a poco a poco grazie ai consigli di Martha, una giovane cameriera di origine contadina, la bambina scopre la bellezza dei luoghi intorno alla casa avvicinandosi così alla natura. Ed è sempre Martha a raccontarle una storia che colpisce la sua immaginazione. Esisteva un tempo un giardino, dove l'adorata defunta moglie dello zio amava stare e che per una tragica fatalità fu anche luogo della sua morte, per una caduta dall'altalena. Scosso dal dolore, lo zio decise di chiudere l'entrata del giardino, in modo tale che nessuno potesse più accedervi. Mary, a quel punto, si mette alla ricerca del giardino segreto. È vero, tutti i bambini hanno sempre un luogo segreto, accessibile solo a loro. E talvolta ai loro amici più intimi. Ma in questo caso no, il giardino segreto esiste davvero. È solo da trovare! In questa ricerca, che evidentemente è metafora di una ricerca interiore, la bambina troverà una serie di alleati che l'aiuteranno, tra cui un vecchio burbero giardiniere e due altri bambini: il fratellino di Martha, Dickon, e Colin, anche lui orfano di madre, figlio dello zio e quindi suo cugino...