Primi anni ottanta: un'organizzazione segreta giapponese denominata E.C.S. scopre, analizzando il DNA di alcuni esper, un gene responsabile dell'attivazione nell'uomo dei poteri psichici e telepatici: il gene Zero. Gli esperimenti si susseguono, col chiaro scopo di utilizzare le potenzialità di questo gene in campo militare, e l'E.C.S. non si fa scrupolo nel sequestrare giovani adolescenti per poterli utilizzare come cavie. Proprio per questi motivi vengono rapiti Shuichiro e le sorelle Sumire e Kasumi.