La segnalazione certificata di inizio attività si presta talvolta a interpretazioni volte a favorire gli interessi dei soggetti che si trovino in relazione diretta con l'amministrazione, lasciando inevitabilmente in ombra i soggetti che sono "estranei" a tale relazione. Questa situazione si esprime plasticamente nella stessa struttura giuridica dell'istituto: da una parte vi è il c.d. soggetto privato principale al quale, a determinate condizioni, è consentito di avviare l'attività senza dover aspettare alcun atto di assenso da parte dell'autorità amministrativa; dall'altra la presenza di determinati soggetti, i quali, sebbene siano terzi, in quanto apparentemente "esterni" alla relazione instauratasi tra il soggetto privato principale e l'amministrazione, possono patire una qualche indebita ingerenza che tale relazione abbia potuto provocare nella loro sfera giuridica. Accade così che la sostituzione del classico procedimento "per autorizzazione" con un modello del tipo "segnalazione-controllo" compromette gravemente le chances di tutela dei soggetti terzi che, assieme all'ordinario procedimento, vedono dissolversi anche gli specifici strumenti di reazione avverso i tipici provvedimenti ampliativi. Di tale impianto si ha testimonianza nella legge di riforma del 7 agosto 2015, n. 124.