Selinunte fu la più occidentale delle colonie greche di Sicilia (in realtà una sub-colonia) e perciò la più esposta ai pericoli di guerra in quanto costituiva una diretta minaccia per gli interessi territoriali e commerciali della parte occidentale dell'isola, occupata sia da popolazioni indigene (Sicani ed Elimi) che da colonie fenicie, le quali in questa zona avevano le loro roccaforti. In particolare i contrasti si manifestarono con la vicina Segesta, il centro politico più importante dell'area elima, in un susseguirsi di vicende che coinvolsero le potenze militari dell'epoca (Atene e Cartagine), indebolirono entrambi i contendenti e portarono la colonia megarese alla rovina e alla distruzione a poco più di due secoli dalla sua fondazione. Anche Segesta subirà attacchi e devastazioni (terribile il saccheggio di Agatocle nel 307 a. C.) fino a quando non entrerà, dopo alterne vicende, nell'orbita di Roma, la nuova potenza mediterranea, da cui sarà riconosciuta consanguinea per la comune origine troiana.