In un futuro prossimo, certi individui hanno acquisito poteri sovrannaturali... Alcuni sono in grado di plasmare i loro corpi, altri possiedono una forza sovraumana. La gente li chiama 'altered'... Sono passati sei mesi dallo scontro tra i due fratelli, Jin e Rei. In una nave di prigionieri diretta ad Area D c'è un infiltrato... È un ragazzo e il suo nome e Rio Hazama. L'ordine che ha ricevuto è uccidere Jin Kazaragi! La storia di questa isola avvolta dal mistero entra ora in una nuova fase.