Rogerius, figlio del maestro Giovanni, morto in Terrasanta durante la crociata di Federico II sulle tracce di un medicinale prodigioso ricavato dalla muffa di una bacca, è un brillante studente della Scuola medica nella Salerno del 1239. Si trova invischiato in una strana vicenda, diventando la vittima delle trame di un incapace magister, Ugo da Marcina, e dell'arcidiacono Vittore, inquisitore apostolico presso la curia vescovile. Nel frattempo, sullo sfondo di una città corrotta e decadente, si muove Arnaldo degli Arsenali, un "parvenu" senza scrupoli che scatena una vera e propria guerra contro Raimondo di Puglia, cavaliere di Federico II e reggente della città, cercando di aizzare la popolazione facendo leva sulla superstizione. Fa da sfondo la lotta tra papa Gregorio IX e Federico II, quest'ultimo indebolito per le guerre che sta combattendo contro i comuni del nord Italia. Hermann Von Salza, gran Maestro dell'ordine dei Teutoni, è l'ultima speranza dell'imperatore di evitare la bolla papale. Ma Von Salza è ammalato ed è costretto a recarsi a Salerno per affidarsi alle cure dei medici della Scuola, prima di affrontare il papa. Nonostante gli sia stata tolta ogni speranza, Rogerius decide di scardinare le congetture dei suoi accusatori. Tra gli appunti di studio reduci dalla missione di suo padre, scopre un vecchio quaderno delle ricordanze (per ottenere il farmaco efficace e non velenoso è necessario un regolo con una combinazione numerica), che lo aiuterà a ricomporre il puzzle dei fatti...