Da quando una guerra nucleare ha devastato la terra, gli ultimi moscoviti sono sopravvissuti cercando di costruire una nuova civiltà nelle profondità della vecchia rete della metropolitana. Questa presunta sicurezza, pero, sì dimostra presto ingannevole: infatti, due anni dopo essere già stati salvati da Artyom contro i Tetri, gli abitanti della metro sono minacciati da epidemie che mettono a rischio l'approvvigionamento di cibo e da conflitti ideologici sempre più gravi. L'unica salvezza sembra risiedere in un ritorno in superficie: ma questo è ancora possibile? Contro ogni logica, Artyom tenta un viaggio - apparentemente senza speranza - verso un mondo il cui misterioso silenzio nasconde un terribile segreto...